凈工作臺是一臺較精密的潔凈設備，對其進行經常性的保養和維護是非常重要的。

首先要保持室內的干燥和清潔，潮濕的空氣既會使制造材料銹蝕，還會影響電氣電路的正常工作，潮濕空氣還利于細菌、霉菌的生長。清潔的環境還可延長濾板的使用壽命。

另外，定期對設備的清潔是正常使用的重要環節。清潔應包括使用前后的例行清潔和定期的處理。熏蒸時，應將所有縫隙完全密封，如操作口設有可移動擋板封蓋的類型潔凈工作臺，可用塑料薄膜密封。